Además del fondo bibliográfico general y de revistas, la Biblioteca de Ciencias cuenta en sus instalaciones con el Centro de Documentación de Espacios Naturales (CDEN), con una colección importante sobre espacios naturales, fundamentalmente españoles.
También dispone de una colección importante de tesis inéditas leídas en la UAM y proyectos de fin de carrera de ciencias ambientales y biología. La mayoría de las tesis se pueden consultar en el repositorio de la UAM .
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