Este centro se ubica en la Biblioteca de Ciencias de la Universidad Autónoma de Madrid. Apoya a las titulaciones de grado y posgrado relacionadas con los espacios protegidos. Desde 2001, la Universidades Autónoma de Madridy la Universidad de Alcalá, cuyo Departamento Interuniversitarios de Ecología tiene una larga experiencia en ciencias ambientales, organizan e imparten conjuntamente el Máster es Espacios Naturales Protegidos, como título propio de posgrado de las tres universidades. Cuenta además con el apoyo del Organismo Autónomo de Parques Nacionales.
En el CDEN se puede consultar documentación variada y actualizada sobre las asignaturas que se imparten en el Máster. Su horario habitual es de 9 a 14:30. Asimismo, la Biblioteca de Ciencias dispone, en libre acceso y préstamo domiciliario, de una colección importante sobre Medio Ambiente y materias relacionadas. Se encuentra ubicada en el depósito de Sala 1.
Los fondos del CDEN, centro novedoso en España, abarcan toda clase de publicaciones relacionadas con espacios naturales, sobre todo espacios naturales protegidos españoles. Provienen fundamentalmente de las Comunidades Autónomas y el Organismo Autónomo de Parques Nacionales.
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