En la segunda planta de la Biblioteca de Ciencias se encuentra el Centro de Documentación de Espacios Naturales (CDEN). Este centro surgió de una iniciativa conjunta de la Universidad Autónoma de Madrid y la Fundación "Fernando González Bernáldez", con la colaboración de Europarc-España.
Los fondos bibliográficos están compuestos por toda clase de publicaciones relativas a espacios naturales, especialmente los espacios protegidos españoles. Se pueden consultar en el propio centro pero no son susceptibles de préstamo, aunque existen duplicados de algunas de las obras en las salas de libre acceso de la biblioteca.Además de poder consultar los fondos, el CDEN ofrece en su espacio una serie de paneles relativos a la biodiversidad, realizados con motivo de la exposición que la Biblioteca y Archivo de la UAM llevó a cabo en 2010, para commemorar la celebración del Año Internacional de la Diversidad Biológica
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